Tất cả nhân vật, sự kiện trong truyện hoàn toàn hư cấu, không phản ánh sự thật lịch sử. Truyện lấy bối cảnh Đại Việt năm 1298, các thế lực tội phạm liên tục lớn mạnh. Để tạo đối trọng và đảm bảo an ninh đất nước, Triều Đình thành lập Hồng Minh Viện, một tổ chức thực hiện quyền hành pháp từ trong bóng tối. Từ đó các cuộc chiến giữa chính và tà nổ ra. Liệu ai sẽ là người chiến thắng, ngai vàng sẽ thuộc về ai, Tất cả sẽ có trong Kỳ Duyên Huyền Sử.